作为R的新手，我有一个关于写入和读取矢量数据的问题。
我的例子1
n = 100
g = 6
set.seed(g)
d <- data.frame(x = unlist(lapply(1:g, function(i) rnorm(n/g, runif(1)*i^2))),
y = unlist(lapply(1:g, function(i) rnorm(n/g, runif(1)*i^2))))
plot(d)
require(vegan)
fit <- cascadeKM(scale(d, center = TRUE, scale = TRUE), 1, 10, iter = 1000)
plot(fit, sortg = TRUE, grpmts.plot = TRUE)
calinski.best <- as.numeric(which.max(fit$results[2,]))
cat("Calinski criterion optimal number of clusters:", calinski.best, "\n")
（来源），它按预期打印Calinski准则最优簇数：5。
示例2：（先写入数据帧d，然后读取）
n = 100
g = 6
set.seed(g)
d <- data.frame(x = unlist(lapply(1:g, function(i) rnorm(n/g, runif(1)*i^2))),
y = unlist(lapply(1:g, function(i) rnorm(n/g, runif(1)*i^2))))
write.table(d, "d.txt", sep='\t', quote=FALSE) #write data frame
d = read.table("d.txt", header=TRUE, sep = '\t') #read later
plot(d)
require(vegan)
fit <- cascadeKM(scale(d, center = TRUE, scale = TRUE), 1, 10, iter = 1000)
plot(fit, sortg = TRUE, grpmts.plot = TRUE)
calinski.best <- as.numeric(which.max(fit$results[2,]))
cat("Calinski criterion optimal number of clusters:", calinski.best, "\n")
然而，示例2打印"Calinski准则最优簇数：1"。
我认为在R中的文件IO后，格式（或其他内容）发生了更改。但我不知道R如何读取和写入数字。谁能给我一些线索，谢谢。
如果文件写入时没有列名称和行名称，则编辑，问题已解决。
write.table(d, "d.txt", sep='\t', quote=FALSE, row.name=FALSE, col.names=FALSE)
读取时，R还读取行和列名称，。另一个方法是在阅读时避开这些名字。
无法为一个组计算卡林斯基索引，但它会变成Inf或-Inf。在第一个示例中，它恰好是-Inf，在第二个示例中，它恰好是Inf，当您查找哪个组时。max，Inf就是你得到的。我不知道我们为什么要费心计算一个类案例的索引，但是如果你搜索最佳结果，你应该忽略第一个案例。我们在plot命令中这样做，在这两种情况下，给出五个集群作为最佳结果。以下对代码的修改将在两种情况下给出相同的答案：
calinski.best <- as.numeric(which.max(fit$results[2,-1])) + 1
cat("Calinski criterion optimal number of clusters:", calinski.best, "\n")
我们必须有1，因为我们省略了一列。
Inf/-Inf不确定性的小细节。正如您在中看到的那样？卡林斯基准则定义为（SSB/（K-1））/（SSW/（n-K）），对于一组K=1，SSB/0=Inf。对于一组，SSB=0，但计算为零，在数字计算机中很少精确，在我的计算机中，零是-2.8e-14和-2.8e-14/0=-Inf。在第二个示例中，SSB=2.8e-14和2.8e-14/0=Inf。在寻找最佳值时，忽略第一列。有时SSB可以精确为零，然后0/0=NaN（不是数字）。
